Bencana alam telah menghancurkan planet Zi, membunuh hampir semua makhluk hidup. Seribu tahun kemudian, manusia secara bertahap membangun kembali peradaban, menyelamatkan Zoids kuno melalui upaya penyelaman dan penambangan. Di sebuah desa yang memiliki benda paling berharga berupa pedang raksasa yang mereka sembah sebagai simbol suci. Seorang remaja laki-laki menemukan Zoids tipe Liger kuno saat melakukan operasi penyelamatan di perairan dalam. Tiba-tiba desa tersebut diserang oleh Bio-Zoids berwujud tulang belulang yang berniat mencuri generator bertenaga besar yang terletak di desa tersebut. Pahlawan remaja kita membangkitkan Liger dan menemukan bahwa pedang suci desa tersebut adalah senjata Liger. Bersama-sama, mereka melawan Bio-Zoids misterius tersebut. Setidaknya untuk saat ini…