Di sebuah fasilitas penelitian yang tersembunyi di pulau terpencil, programmer jenius Shiki Magata telah hidup sebagai pertapa selama bertahun-tahun. Dia jarang bertemu dengan tamu, namun profesor Souhei Saikawa dan mahasiswa Moe Nishinosono tetap mencarinya. Namun, pertemuan mereka terpotong ketika mereka terjebak dalam misteri pembunuhan di sebuah ruangan terkunci.

Segalanya tidak seperti yang terlihat, dan banyak rahasia yang tersembunyi. Di dalam sebuah fasilitas yang terisolasi, kejahatan yang tampaknya mustahil dan mengerikan terjadi, dan Saikawa dan Moe harus mengungkap kebenaran di balik pembunuhan dan masa lalu Magata yang terselubung.