Jauh di dalam Pegunungan Ararat di Turki, sebuah organisasi rahasia yang dikenal sebagai ARCAM telah menemukan apa yang diyakini sebagai Bahtera Nuh. Namun, Korps Mesin AS, sebuah organisasi jahat Pentagon, ingin mengambil alih Bahtera tersebut sebagai sarana supremasi global. Hanya operasi khusus ARCAM yang dikenal sebagai Spriggan yang menghalangi mereka. Spriggan Jepang Yu Ominae bekerja sama dengan Spriggan Prancis Jean-Jacques Mondo untuk memerangi anggota Korps Mesin AS yang dipimpin oleh Kolonel MacDougall-seorang anak laki-laki yang telah disempurnakan secara genetik dengan kekuatan psionik yang mematikan. Namun, mereka harus bertindak cepat dan menghentikan MacDougall sebelum dia menggunakan Bahtera untuk agendanya sendiri.