Shadowverse Flame menampilkan tokoh utama baru Light Tenryu dan ceritanya berlatar belakang di Shadowverse College, sebuah fasilitas yang melatih para pemain profesional game Shadowverse. Light Tenryu, seorang siswa pindahan, memutuskan untuk bergabung dengan “Seventh Flame,” salah satu dari tujuh klub Shadowverse. Namun, Seventh Flame berada di ambang penutupan karena kurangnya anggota! Untuk menghindari kehancuran klub, Light memutuskan untuk mencari anggota baru. Namun, yang menunggunya adalah saingan kuat yang menguasai berbagai macam kartu…