Dalam perjalanan ke sekolah, Hiiro Ryuugasaki mendengar suara aneh yang berasal dari gudang penyimpanannya. Saat dia mencari di tempat itu, dia menemukan sebuah smartphone yang sudah terinstal permainan kartu digital populer “Shadowverse”. Dengan asumsi bahwa kakeknya akhirnya memutuskan untuk membelikannya smartphone setelah permintaan yang tak terhitung jumlahnya, Hiiro tidak menemukan sesuatu yang salah.

Di kemudian hari, Hiiro menerima berita memprihatinkan tentang teman sekelasnya, Mimori Amamiya. Dia telah menjadi korban lain dari Takuma Kibakura, sesama pemain Shadowverse yang menggertak lawan-lawannya dengan merampas ponsel mereka setelah dia mengalahkan mereka dalam pertempuran. Bertekad untuk mendapatkan kembali ponsel Mimori, Hiiro memasuki dunia baru yang mengasyikkan, penuh dengan pertandingan yang intens dan lawan-lawan Shadowverse yang tangguh-termasuk Lucia Yonazuki yang tangguh.