Tahunnya adalah 1983. Perang Dingin sedang berlangsung, dan umat manusia sedang diserang. Alien asing yang diberi nama “BETA” telah turun ke Bumi dengan tujuan menghancurkan semua kehidupan. Para prajurit ditugaskan untuk mengemudikan pesawat tempur besar yang disebut Tactical Surface Fighters (TSF) untuk mengusir penjajah alien, tetapi garis depan perlahan-lahan terdesak mundur ke arah kota-kota yang masih bertahan.

Schwarzesmarken mengisahkan tentang Letnan Dua Theodor Eberbach dan anggota skuadron TSF ke-666 lainnya, sebuah unit kejam yang lebih mementingkan penyelesaian misi daripada nyawa manusia. Ditempatkan di Jerman Timur dan dipimpin oleh pahlawan perang Kapten Irisdina Bernhard, unit ini berspesialisasi dalam serangan balasan terhadap BETA kelas laser. Namun, skuadron 666 mendapati dirinya memiliki lebih banyak musuh daripada sekadar pasukan alien ketika prajurit baru yang optimis, Katia Waldheim, bergabung dengan skuadron tersebut, yang menarik perhatian polisi rahasia Jerman Timur, Stasi.