Nozomu Itoshiki adalah seorang guru SMA yang begitu pesimis sehingga kemalangan sekecil apa pun dapat menjerumuskannya ke dalam jurang keputusasaan yang hebat; beberapa “bencana” ini bahkan berujung pada upaya bunuh diri. Sayonara Zetsubou Sensei adalah komedi satir tentang kehidupan sehari-hari yang berlatar masa kini, mencakup berbagai aspek kehidupan dan budaya Jepang melalui Nozomu dan interaksinya dengan murid-muridnya: Kiri Komori, seorang penyendiri yang menolak meninggalkan sekolah; Abiru Kobushi, seorang enigma yang sering datang ke kelas dengan luka parah dan misterius; Kafuuka Fuura yang hiper-optimis, kebalikan dari Nozomu; dan beberapa gadis unik lainnya, yang semuanya sama eksentriknya dengan guru mereka.