Bagi Oz Vessalius muda, pewaris Rumah Duke Vessalius, dunia berbahaya yang disebut Abyss hanyalah dongeng yang digunakan untuk menakuti anak-anak yang nakal. Namun, ketika upacara kedewasaan Oz terganggu oleh Klan Baskerville yang jahat yang berniat mengusirnya ke kedalaman Abyss, pewaris Vessalius menyadari bahwa kehidupan mewahnya yang damai telah berakhir. Kini, ia harus menghadapi dunia Abyss dan penghuninya, makhluk-makhluk mengerikan bernama “Chains,” yang ternyata tidak sepenuhnya palsu seperti yang ia yakini sebelumnya.

Berbasis pada manga fantasi supranatural dengan judul yang sama, Pandora Hearts menceritakan perjalanan Oz yang berusia lima belas tahun untuk mengungkap makna di balik peristiwa aneh yang telah menguasai hidupnya. Dibantu oleh Chains misterius bernama Alice, yang dijuluki “Kelinci Hitam Berdarah,” dan anggota organisasi rahasia bernama “Pandora,” Oz mulai menyadari bahwa keberadaannya mungkin memiliki makna yang lebih dalam daripada yang pernah ia bayangkan.