Setelah bertemu dengan spesialis keanehan Izuko Gaen, siswa kelas tiga SMA Koyomi Araragi terbangun di ruang hampa yang aneh dan sepi, hanya untuk disambut oleh wajah yang sangat dikenalnya di tempat yang sangat asing.

Araragi, dengan bantuan kekasihnya Hitagi Senjougahara, bermanuver melalui jaring masa lalunya dan kebingungan di masa kini untuk mencari jawaban. Namun, takdir sekali lagi mengantarkannya pada siswa pindahan yang eksentrik, Ougi Oshino, yang membawa proposal tak terduga yang mungkin akan menggali fondasi tempat ia berlabuh. Saat Araragi mengupas lapisan misteri yang menyelimuti sebuah penampakan, ia menemukan sebuah kebenaran yang tidak dimaksudkan untuk diungkap.