Shinichi Kanou adalah seorang otaku yang tertutup dengan pengetahuan yang luas tentang anime, manga, dan video game. Suatu hari, setelah melamar pekerjaan dengan harapan dapat melarikan diri dari gaya hidupnya yang terpencil, dia diculik dan dibawa ke Kekaisaran Eldant-dunia fantasi yang penuh dengan peri, naga, dan kurcaci. Terperangkap di negeri asing ini, Shinichi diberi tugas yang tidak biasa oleh pemerintah Jepang: menyebarkan budaya otaku ke seluruh penjuru dunia dengan menjadi “Misionaris Otaku”.

Untuk menyelesaikan misinya, Shinichi mendapat dukungan penuh dari pemerintah Jepang, serta pelayan setengah peri Myucel dan Putri Petralka dari Kekaisaran Eldant. Bersama dengan sekelompok orang yang tidak jelas ini, dia akan mengatasi rintangan politik, kelas sosial, dan diskriminasi etnis untuk mempromosikan cara-cara otaku di tanah suci ini.