Saat perang mesin berlangsung, Komando YoRHa dan Perlawanan bersiap untuk serangan terakhir yang menentukan terhadap “Bentuk Kehidupan Mesin,” robot militer yang menjelajahi permukaan bumi. Sementara persiapan sedang berlangsung, YoRHa 9-gou S-gata “9S” dan YoRHa 2-gou B-gata “2B” melanjutkan misi pengintaian tingkat lanjut mereka. Namun, 9S dan 2B berjuang dengan peran masing-masing, kesetiaan mereka satu sama lain, dan kesetiaan mereka terhadap Komando.

Meskipun Adam dan Hawa yang jahat telah dikalahkan, tampaknya mesin-mesin itu tidak kalah telak. Kehadiran yang tidak menyenangkan dalam bentuk “Gadis Merah” terus mengamati android dari jauh, menunggu kesempatan yang tepat untuk menyerang mereka.