Siswa kelas dua SMA, Ichirou Satou, selalu menjadi orang yang biasa-biasa saja-hingga dia mengalami situasi yang tidak biasa dengan gurunya, Kana “Sang Iblis” Kojima. Kojima adalah guru bahasa Jepang Satou yang memiliki reputasi sangat kejam, bahkan anak nakal di sekolah pun tunduk padanya. Pada suatu hari yang menentukan, keadaan menjadi kacau ketika Satou bertemu dengan Kojima di kamar kecil, yang membuat mereka berbagi pertemuan intim yang membuat imajinasinya menjadi liar selama berhari-hari.

Nande Koko ni Sensei ga? mengikuti kehidupan sehari-hari Satou dan gurunya saat mereka terus bertemu dalam kondisi yang sama, semakin dekat dengan setiap pertemuan.