Dunia telah dilanda perang putus asa selama tiga dekade melawan BETA-sebuah spesies alien yang menginvasi planet ini pada tahun 1973. Di tengah kekacauan ini, seorang siswa SMA bernama Takeru Shirogane tiba-tiba terbangun dari mimpi buruk yang menakutkan, di mana dia melihat umat manusia mengalami kekalahan total. Segera setelah itu, dia menyadari bahwa mimpinya tidak lebih dari ingatan tentang kehidupannya di alam semesta alternatif. Dalam ingatan tersebut, proyek Alternative V dilaksanakan, mengirim ratusan ribu orang ke luar angkasa sebagai upaya terakhir untuk melestarikan umat manusia, sementara membiarkan miliaran orang yang tersisa di Bumi mengalami nasib yang kejam.

Karena ingin mengubah masa depan yang suram ini, Takeru bergabung dengan pangkalan militer di Yokohama, yang merupakan bekas sekolah menengahnya. Di sana, dia berhasil meyakinkan wakil komandan pangkalan dan pemimpin proyek Alternatif IV, Profesor Yuuko Kouzuki, untuk mencegah terjadinya Alternatif V. Untuk memastikan keberhasilan Alternatif IV, Takeru harus mengemudikan mesin humanoid raksasa Tactical Surface Fighters (TSF) bersama rekan-rekan taruna lainnya. Namun, dia hanya memiliki waktu dua bulan untuk menyelesaikan pelatihannya dan memanfaatkan sebagian pengetahuannya tentang masa depan-jangan sampai tragedi berikutnya terjadi.