Di musim kedua, cerita berlanjut tepat di tempat yang ditinggalkan sebelumnya. Gudang Fermentasi dan laboratorium Profesor Itsuki siap beroperasi dan dengan bakat unik Sawaki Tadayasu untuk melihat dan berkomunikasi dengan mikroba untuk membantu, kelompok mahasiswa Itsuki yang beraneka ragam mulai memproses berbagai produk fermentasi seperti kecap dan sake.