Pada tahun Cosmic Era 0071, pertempuran sengit antara dua mobile suit mengakibatkan kehancuran sebuah negara netral. Shinn Asuka kehilangan seluruh keluarganya sebagai korban kekerasan tersebut, dan bersumpah untuk membalas dendam terhadap Pasukan Alam Bumi, dengan keyakinan bahwa mereka lah yang bertanggung jawab atas kematian keluarganya. Shinn naik pangkat melalui pasukan militer ZAFT, hingga akhirnya mendapatkan akses ke kokpit mobile suit prototipe Impulse.

Athrun Zala, seorang veteran perang yang bekerja untuk diplomat Cagalli Yula Athha, terjebak dalam konflik baru antara Naturals dan Coordinators: manusia yang ditingkatkan secara buatan sebelum lahir dan dibenci oleh Naturals karena keunggulan biologis mereka.

Saat perang baru mulai berkecamuk dan kekerasan menjadi tak terhindarkan, Athrun menjadi mentor bagi Shinn yang penuh dendam. Athrun harus mengarahkan pilot muda itu menuju mindset belas kasihan sebelum amarah dan hasrat balas dendamnya menguasainya.