Medaka Kurokami, dalam arti yang sebenarnya, adalah sempurna. Cantik, cerdas, dan atletis, impian Medaka adalah membuat orang lain bahagia. Jadi, ketika dia mencalonkan diri sebagai Ketua OSIS di Akademi Hakoniwa yang bergengsi, memenangkan pemilihan dengan 98% suara adalah hal yang diharapkan.

Hal pertama yang dilakukan oleh presiden baru yang riuh ini adalah membuat “Kotak Medaka”, sebuah kotak saran yang memungkinkan para siswa untuk mengajukan permintaan bantuan apa pun. Bersama dengan Zenkichi Hitoyoshi yang sinis, teman masa kecilnya yang sangat suka menolong, Medaka memenuhi permintaan-permintaan ini dengan cara yang konyol. Untuk setiap pekerjaan yang diselesaikan, dia menambahkan bunga ke ruang OSIS, dengan tujuan untuk memenuhi seluruh sekolah. Namun, keduanya akan menemukan bahwa membantu orang lain mungkin jauh lebih sulit daripada yang mereka pikirkan saat mereka mulai mengungkap rencana dahsyat yang berpusat pada akademi dan bahkan Medaka sendiri!