Setelah serangkaian serangan yang membuat para guru dan murid kehilangan sihirnya, kepala sekolah Liza Quillyn memutuskan untuk menutup sekolah tersebut, sehingga mustahil untuk masuk atau keluar dari sekolah. Akibatnya, Philomela Sargant tidak dapat memenuhi perintah neneknya, Lizbeth, untuk keluar dari sekolah.

Terperangkap di dalam College, Chise Hatori dan teman-teman sekelasnya mulai menyesuaikan diri dengan keadaan baru dan penuh tekanan. Namun seiring berjalannya waktu, kondisi Philomela semakin memburuk-baik secara mental maupun fisik. Sementara itu, rincian tentang masa lalu yang tragis dari teman sekamar Chise, Lucy Webster, terus bermunculan. Saat Chise bergulat dengan kekhawatiran tentang teman-temannya dan dengan dirinya sendiri yang terus berkembang, identitas pelaku penguras sihir misterius yang mengganggu College akhirnya terungkap.