Sudah satu abad berlalu sejak “sihir sejati”-yang awalnya hanya dianggap sebagai cerita rakyat dan legenda-menjadi teknologi yang lumrah di seluruh dunia. Sekolah Menengah Atas Afiliasi Universitas Sihir Nasional Pertama (First High), salah satu dari sembilan akademi sulap di Jepang, menerima dua kakak beradik yang terampil – Miyuki dan Tatsuya Shiba – ke dalam akademi. First High membagi siswanya ke dalam dua kelompok, Kursus 1 dan Kursus 2, berdasarkan nilai ujian masuk. Hal ini menyebabkan penghinaan terhadap murid-murid Kelas 2, karena mereka dicap sebagai “Gulma” oleh murid-murid Kelas 1, yang menyebut diri mereka sebagai “Bunga”.

Tatsuya diterima di Kelas 2, sementara adiknya Miyuki bergabung dengan Kelas 1 sebagai siswa kehormatan. Miyuki ingin menunjukkan kepada SMA Pertama bahwa, meskipun kakaknya dicap tidak kompeten, dia adalah salah satu penyihir terbaik di seluruh dunia.

Mahouka Koukou no Yuutousei menceritakan kembali kisah Mahouka Koukou no Rettousei dari sudut pandang Miyuki dan karakter wanita lainnya.