Sulap itu tidak nyata—semua orang tahu itu. Namun, ketika dipertunjukkan oleh seorang ahli sejati, sulap memiliki kemampuan untuk memukau dan membuat takjub penontonnya. Kaito Kuroba, putra pesulap panggung ternama dunia, Touichi Kuroba, tidak asing dengan fakta ini. Mahir dalam seni tipu daya dan pengalih perhatian, Kaito sering mengganggu kehidupan orang-orang di sekitarnya dengan trik dan lelucon yang mencolok. Namun, ketika Kaito secara tidak sengaja menemukan lorong tersembunyi di rumahnya, ia menemukan rahasia yang mungkin menjadi penyebab kematian ayahnya delapan tahun lalu—pakaian putih merpati milik Kid si Pencuri Hantu. Ingin tahu lebih banyak tentang ayahnya, Kaito mengenakan pakaian itu dan mencari Permata Pandora yang konon dapat memberikan keabadian. Namun, ia bukan satu-satunya yang mengincar permata itu—organisasi yang bertanggung jawab atas kematian ayahnya juga sedang mengejarnya!

Magic Kaito mengikuti kisah kelahiran kembali Kaitou Kid, pencuri hantu malam. Dengan memanfaatkan boneka, penyamaran, dan pistol kartu khasnya, Kaito bertekad mencuri permata paling berharga di dunia, mengungkap kebenaran di balik kematian ayahnya dan rumor Permata Pandora di sepanjang perjalanan.