Berlatar satu tahun sebelum kedatangan Zentraedi di Bumi, Macross Zero mengisahkan hari-hari terakhir perang antara U.N. Spacy dan faksi anti-U.N. Setelah ditembak jatuh oleh pesawat tempur terbaru faksi anti-PBB, pilot andal Shin Kudo terdampar di pulau terpencil Mayan, di mana teknologi hampir tidak ada. Sementara Shin tinggal di pulau itu untuk menyembuhkan lukanya, ketenangan pulau itu terganggu oleh pertempuran yang melibatkan pesawat tempur terbaru PBB—VF-0.