Pada awal abad ke-21, United Nations Kurobe Research Institute didirikan di Jepang untuk menyelidiki sebuah artefak kuno, yang ditemukan selama pembangunan Bendungan Kurobe. Para ilmuwan dari seluruh dunia telah berkumpul di fasilitas ini untuk mempelajari objek tersebut, sementara anak-anak mereka menikmati kehidupan sehari-hari mereka di Sekolah Menengah Atas Internasional Gunung Tate.

Yukina Shirahane, seorang siswi SMA yang pendiam, adalah putri dari kepala ilmuwan di fasilitas tersebut. Saat mengunjungi ibunya di fasilitas tersebut, Yukina berhasil memecahkan sebagian teka-teki artefak. Yang mengejutkannya, yang muncul di hadapannya adalah Kennosuke Tokisada Ouma, seorang samurai muda dari era Sengoku.

Saat ancaman mendekat dari luar angkasa, Yukina, bersama dengan Kennosuke, mendapati dirinya harus mempertahankan Bumi dari kekuatan penjajah. Sepanjang perjalanan, Yukina menemukan misteri di balik Kennosuke dan alasan dia bertekad untuk melindunginya.