Gen Kudou, seorang pembuat koto, percaya bahwa cucunya yang nakal, Chika, tidak akan pernah mengerti betapa dalamnya alat musik tradisional ini. Dalam upaya untuk menebus kenaifannya dan memahami kata-kata almarhum kakeknya, Chika mencoba bergabung dengan Klub Koto SMA Tokise.

Meskipun klub ini sangat membutuhkan anggota, presiden klub yang baru, Takezou Kurata, tidak mau dengan mudah menerima lamaran Chika karena reputasinya yang buruk. Namun, setelah melihat keseriusan dan antusiasme Chika, Takezou mengizinkan anak bermasalah ini untuk bergabung, bersama dengan pemain koto yang ajaib, Satowa Houzuki, dan tiga orang teman Chika yang penuh semangat. Kono Oto Tomare! mengikuti perjalanan grup musik yang ceria ini saat mereka bercita-cita untuk tampil di kompetisi nasional.