Dengan laut yang terus-menerus terancam oleh “Armada Abyssal” yang bermusuhan, sebuah pangkalan angkatan laut khusus didirikan untuk melawan mereka. Alih-alih persenjataan angkatan laut standar, pangkalan tersebut dipersenjatai dengan “Kanmusu”—gadis-gadis yang menyimpan roh kapal perang Jepang—yang memiliki kemampuan untuk mengenakan perlengkapan senjata yang memungkinkan mereka mengendalikan jiwa-jiwa kuat dalam diri mereka. Fubuki, seorang Kanmusu muda tipe Destroyer, bergabung dengan pangkalan sebagai rekrutan baru; sayangnya, terlepas dari kurangnya pengalaman dan sifatnya yang pemalu, ia ditugaskan ke Skuadron Torpedo Ketiga yang terkenal dan dengan cepat terjun ke medan pertempuran. Ketika ia diselamatkan dari kehancuran, kapal perang baru tersebut bertekad untuk menjadi sekuat kapal yang menyelamatkannya.