Kannazuki no Miko berawal di desa Mahoroba, tempat waktu berlalu dengan lambat bagi manusia dan alam. Dua siswa dari Akademi Ototachibana yang prestisius di desa itu bagaikan siang dan malam. Himeko pemalu dan tidak percaya diri, sementara Chikane berani dan anggun. Meskipun demikian, mereka saling mencintai, dan tidak ada yang bisa memisahkan mereka, tak peduli seberapa keras mereka mencoba.

Pada hari ulang tahun bersama kedua gadis itu, suara jahat memengaruhi salah satu teman mereka untuk menyerang mereka. Saat semuanya tampak paling suram, kekuatan pendeta bulan dan matahari yang tertidur dalam diri kedua gadis itu terbangun, mengusir kejahatan. Namun, itu hanyalah rintangan pertama. Kini, keduanya harus menghadapi ancaman dari banyak pihak yang ingin mengganggu kesejahteraan mereka—bahkan orang-orang terdekat mereka!