Tahunnya adalah 1999. Morioh, kota yang biasanya tenang dan damai, baru-baru ini menjadi sarang aktivitas aneh. Joutarou Kuujou, yang kini menjadi ahli biologi kelautan, pergi ke kota misterius tersebut untuk bertemu dengan Jousuke Higashikata. Meskipun keduanya mungkin tampak seperti orang asing pada awalnya, Jousuke sebenarnya adalah anak haram dari kakek Joutarou, Joseph Joestar. Ketika mereka bertemu, Joutarou menyadari bahwa dia mungkin memiliki lebih banyak kesamaan dengan Jousuke daripada sekadar hubungan darah.

Bersama dengan Kouichi Hirose yang santun dan Okuyasu Nijimura yang berisik, kelompok ini mendedikasikan diri mereka untuk menyelidiki kasus-kasus penghilangan paksa dan kejadian-kejadian mencurigakan lainnya di Morioh. Dibantu oleh kekuatan Stands, keempat pria itu akan menghadapi bahaya di setiap sudut jalan, karena tergantung pada mereka untuk mengungkap rahasia kota, sebelum yang lain terjadi.