Ketika organisme luar angkasa yang dikenal sebagai “Savage” menyerang umat manusia, satu-satunya teknologi yang mampu melawan musuh adalah senjata yang dikenal sebagai “Hundred.” Sebagai orang yang selamat dari serangan Savage, Hayato Kisaragi adalah seorang remaja yang memiliki tingkat kompatibilitas tertinggi dengan teknologi yang disebutkan di atas dan sebagai hasilnya, ia diundang untuk menguasai keahliannya di Little Garden, sebuah akademi militer bergengsi di atas kapal perang.

Selama pelatihan intensif untuk pertempuran yang akan datang, dia segera menarik minat beberapa teman wanita dan terlibat dalam sejumlah insiden saat dia mencoba melawan makhluk yang sekarang menghuni Bumi dan mengancam keselamatannya.