Berusaha menemukan tujuan dalam hidupnya, Hisone Amakasu mendaftar di Pasukan Bela Diri Udara Jepang (JASDF) dan ditempatkan di Pangkalan Udara Gifu. Selama kunjungan ke bagian pangkalan yang tidak diketahuinya, ia menemukan rahasia terbesar JASDF: Organic Transformed Flyer (OTF), seekor naga yang memiliki kemampuan untuk menyamar sebagai pesawat terbang. Setelah ditelan dan dimuntahkan oleh OTF, komandannya memberi tahu dia bahwa pertemuan ini berarti dia telah dipilih untuk menjadi Pilot Naga berikutnya.

Bersama dengan rekan-rekannya sesama kadet pilot dan “Maso-tan”, OTF-nya sendiri, Hisone harus mengatasi rasa tidak amannya untuk menemukan potensi sejatinya sebagai Pilot Naga dan mengungkap rahasia di balik OTF.