Berlatar satu bulan setelah peristiwa dalam film Heaven is a Place on Earth. Setelah tinggal di Sanzenin Mansion sekali lagi, Nagi kembali ke cara hidupnya yang lama, hingga ia menerima kabar dari otoritas Amerika yang memberi tahu bahwa ia memiliki waktu seminggu untuk mengambil barang-barang mendiang ayahnya yang tertunda tanpa batas waktu karena berbagai keadaan. Setelah menerima kabar tentang ayahnya yang tidak ia ingat, Nagi kemudian bertemu dengan seorang gadis misterius (dengan agenda tersembunyi) yang mengaku sebagai adik perempuan Nagi.

Serial ini menceritakan kisah baru yang merupakan kisah asli dari animenya dan tidak langsung diadaptasi dari manganya. Penulis utama seri aslinya, Kenjiro Hata, secara pribadi menciptakan konsep asli untuk cerita anime ini.