Si kembar setengah siluman Towa dan Setsuna selalu bersama, hidup bahagia di Jepang zaman feodal. Namun, hari-hari bahagia mereka berakhir ketika kebakaran hutan memisahkan mereka dan Towa terlempar melalui portal ke Jepang modern. Di sana, dia ditemukan oleh Souta Higurashi, yang membesarkannya sebagai putrinya setelah Towa tidak bisa kembali ke masanya.

Sepuluh tahun kemudian, Towa yang berusia 14 tahun adalah seorang siswa yang relatif dapat menyesuaikan diri dengan baik, meskipun ia sering terlibat perkelahian. Namun, masalah tak terduga tiba di depan pintunya dalam bentuk tiga pengunjung dari Jepang Feodal; Moroha, pemburu bayaran; Setsuna, pembasmi iblis dan saudara kembar Towa yang telah lama hilang; dan Nyonya Tiga Mata, iblis yang mencari benda mistis. Dengan bekerja sama, para gadis ini mengalahkan musuh mereka, tetapi dalam prosesnya, Towa menemukan kengeriannya karena Setsuna sama sekali tidak memiliki ingatan tentang dirinya. Hanyou no Yashahime: Sengoku Otogizoushi mengikuti tiga gadis saat mereka berusaha untuk memulihkan ingatan Setsuna yang hilang, serta menemukan kebenaran tentang takdir mereka yang saling terkait.