Setelah penutupan game MMORPG virtual reality yang sangat populer “The World,” versi baru game tersebut—The World R:2—diluncurkan. Pada hari pertamanya di game, pendatang baru Haseo berpikir dia telah menemukan teman-teman untuk berpetualang bersama. Namun, seolah mengejek perasaannya, mereka membunuh karakternya hanya untuk bersenang-senang. Beruntung, dia diselamatkan oleh seorang pemain misterius bertangan satu bernama Ovan yang menawarkan untuk menunjukkan kepadanya sekitar The World.

Bersama Ovan dan teman pendeta Shino, Haseo menikmati tahun pertamanya yang indah di dalam game. Namun, kehidupan damai ini hancur ketika karakter Shino dibunuh oleh sosok yang terkenal sebagai Tri-Edge, yang korbannya semua jatuh koma di dunia nyata. Dalam amarahnya, Haseo bersumpah untuk menemukan Tri-Edge yang sulit ditangkap dan membunuhnya.

Berlatar belakang tahun pertama Haseo di The World, .hack//Roots mengeksplorasi persahabatan yang dibangun Haseo di dalam game sebelum Tri-Edge merenggutnya.