Setelah Tentara Pembebasan Altana mundur sementara dari Distrik Kabuki, keadaan perang tampaknya membaik. Namun, ketika Oniwaban, Shinsengumi, dan penduduk distrik memerangi sisa-sisa tentara, penemu terbesar Edo, Gengai Hiraga, diculik. Bertanggung jawab atas mundurnya musuh dengan membuat senjata mereka tidak berguna, virus mesin nano Gengai sekarang beresiko dimatikan.

Sementara itu, laser yang mampu melenyapkan sebuah planet diaktifkan di orbit Bumi di kapal induk Tentara Pembebasan. Pertempuran lain terjadi ketika Shinsuke Takasugi dan anggota Kiheitai lainnya tiba di kapal tersebut untuk menghentikan penembakan senjata tersebut. Terpaksa berperang di dua front, Yorozuya dan sekutunya harus menang di kedua sisi untuk menyelamatkan Edo dan seluruh dunia.