Gintoki, Shinpachi, dan Kagura kembali sebagai anggota tim Yorozuya yang ceria namun bangkrut! Tinggal di era Edo, tempat pedang dilarang dan penguasa alien telah menaklukkan Jepang, mereka berusaha keras melakukan pekerjaan apa pun yang bisa mereka dapatkan. Namun, Shinpachi dan Kagura masih belum dibayar… Apakah Gin-chan benar-benar menghabiskan semua uang itu untuk bermain pachinko?

Sementara itu, ketika Gintoki pulang dalam keadaan mabuk dan terhuyung-huyung suatu malam, sebuah pesawat luar angkasa alien jatuh di dekatnya. Seorang anggota kru yang terluka parah muncul dari pesawat dan memberi Gintoki sebuah alat aneh berbentuk jam, memperingatkannya bahwa alat itu sangat kuat dan harus dijaga. Karena mengira alat itu jam alarmnya, Gintoki menghancurkan alat itu keesokan paginya dan tiba-tiba menyadari bahwa dunia di luar apartemennya telah berhenti. Dengan Kagura dan Shinpachi di sisinya, ia berangkat untuk memperbaiki alat itu; meskipun, seperti biasa, tidak ada yang semudah itu bagi tim Yorozuya.

Penuh dengan humor jenaka dan momen-momen penuh emosi yang menyentuh hati, musim keempat Gintama menampilkan Gintoki dan teman-temannya menghadapi petualangan paling lucu sekaligus krisis paling berbahaya.