Gakusen Toshi Asterisk Musim ke-2 melanjutkan kisah murid-murid Genestella, Ayato Amagiri dan Julis-Alexia von Riessfeld, yang berhasil lolos ke babak selanjutnya di Phoenix Festa setelah melalui pertarungan sengit melawan kakak-beradik Irene dan Priscilla Urzaiz.

Terlepas dari usaha terbaik Julis dan Ayato, fakta bahwa kekuatan Ayato telah disegel sudah bukan rahasia lagi. Sekarang dalam posisi yang tidak menguntungkan, keduanya harus membuat rencana jika mereka ingin memiliki harapan untuk memenangkan Phoenix Festa. Hanya satu hal yang pasti: masalah yang menghadang mereka akan semakin sulit diatasi sejak saat ini.