Dunia telah damai sejak berdirinya sistem Fractale. Didukung oleh terminal Fractale yang ditanamkan di tubuh mereka, orang-orang hidup dalam isolasi, bebas untuk fokus pada kepentingan mereka sendiri. Clain Necran menghabiskan hari-harinya dengan mengumpulkan peninggalan teknologi dari masa sebelum Fractale diperkenalkan. Satu-satunya teman yang ia pelihara adalah Doppel milik orang tuanya, atau klon hologram canggih.

Clain segera bertemu dengan Phryne – gadis manusia pertama yang pernah dia temui – dan dia langsung menganggapnya menarik. Namun, Phryne dikejar oleh kelompok anti-Fractale yang dikenal sebagai The Lost Millenium, dan dia meninggalkan sebuah artefak aneh dalam penjagaan Clain sebelum menghilang. Memutuskan bahwa dia harus menyelamatkan Phryne dan mengembalikan barang-barangnya, Clain berangkat untuk menemukannya. Perjalanannya membawanya jauh ke dalam jantung sistem Fractale, di mana mempelajari kebenaran di baliknya menimbulkan lebih banyak bahaya baginya daripada yang bisa dia bayangkan.