Sebuah neraka teknologi yang menyamar sebagai surga, Akademi Tsukimihara adalah sekolah menengah artifisial yang berfungsi sebagai latar Perang Cawan Suci berikutnya. Diciptakan oleh komputer Moon Cell, sekolah ini dihuni oleh jiwa-jiwa yang diproyeksikan dari Bumi yang memiliki sedikit bakat untuk menjadi “Master”. Dari 256 jiwa ini, 128 akan dipilih untuk turnamen utama dan diberi gelar Servant. Dengan terpilihnya semua Master, Akademi akan mengaktifkan pembersihan, menargetkan makhluk hidup yang tersisa untuk dimusnahkan.

Terbangun dalam genangan darahnya sendiri, Hakuno Kishinami menolak untuk mati. Dipicu oleh perasaan kebencian yang tidak diketahui, dia bersumpah untuk berjuang untuk bertahan hidup. Saat dia berjuang untuk melarikan diri dari pengejar yang tak kenal lelah, dia menemukan pedang merah tertancap di tanah; dan dengan mencabutnya, Hakuno memanggil Pelayannya sendiri, Saber, yang langsung menghancurkan pengejarnya dalam sekejap kelopak bunga mawar. Dengan kekuatan barunya, Hakuno sekarang harus memulai perjalanannya ke inti Moon Cell, Kandang Angelica. Di sana, dia akan mengungkap alasan dunia buatan ini dan rahasia masa lalunya yang berlumuran darah.