Pendiam, pemalu, dan bertubuh kecil, Sena Kobayakawa, siswa SMA Deimon, menjadi sasaran empuk para pengganggu. Namun, akibat sering melakukan tugas-tugas kecil sepanjang hidupnya, Sena menjadi lincah dan mengembangkan kemampuan untuk menghindari kerumunan orang. Setelah Youichi Hiruma—kapten tim sepak bola Deimon Devil Bats—melihat kaki Sena yang cepat bergerak, ia memaksa anak pemalu itu untuk bergabung dengan timnya.

Karena Hiruma ingin menyembunyikan identitas Sena dari klub lain, Sena terpaksa bersembunyi di balik helm berpelindung mata “Eyeshield 21,” seorang running back misterius yang mengenakan jersey nomor 21. Eyeshield 21 yang legendaris konon dapat berlari dengan kecepatan cahaya dan telah mencatat prestasi luar biasa di Amerika Serikat selama masa kuliahnya di Notre Dame College.

Terbiasa menghindari masalah di masa lalu, keahlian Sena mungkin saja membantunya menjadi senjata rahasia baru Deimon Devil Bats. Seiring berinteraksi dengan rekan-rekannya, Sena perlahan-lahan memperoleh kepercayaan diri yang lebih besar dan membangun ikatan berharga sepanjang perjalanan.