Setelah menguasai Edens Zero, Shiki Granbell telah mengumpulkan Empat Bintang Bersinar. Dengan bantuan teman-teman barunya, Shiki akan dapat menembus Dragonfall-perbatasan Kosmos Sakura yang penuh dengan naga-naga mekanik. Setelah itu tercapai, dia dapat melanjutkan pencariannya untuk menemukan Dewi Ibu.

Sebelum kru Edens Zero dapat melanjutkan perjalanan mereka, mereka melihat sebuah kapal perang misterius mengikuti mereka. Setelah mengetahui bahwa kapal tersebut-Belial Gore-milik Drakken Joe, Shiki dan krunya berusaha menyusup ke kapal tersebut, dengan tujuan untuk mencari tahu mengapa Dark Alchemist mengincar mereka. Dalam prosesnya, Edens Zero disandera oleh anak buah Drakken.

Meskipun mereka berada dalam situasi terjepit, Shiki menolak untuk mundur. Bekerja sama dengan teman-temannya, Shiki harus mengalahkan sang Alkemis Kegelapan jika ia ingin keluar dari Belial Gore dalam keadaan hidup.