Takato Matsuda, seorang anak berusia sepuluh tahun, sangat menyukai bermain permainan kartu Digimon bersama teman-temannya dan tenggelam dalam dunia imajinatifnya. Suatu pagi, ia menemukan kartu biru yang tidak dikenal dalam koleksinya dan menggeseknya melalui pembaca kartunya. Tanpa disadarinya, keputusannya itu menyebabkan kartu tersebut berubah menjadi D-Ark Digivice. Ketika perangkat misterius itu memindai desainnya untuk Digimon asli bernama Guilmon, ia menghasilkan Digi-Egg yang kemudian menetas menjadi versi hidup dari ciptaannya sendiri!

Meskipun Takato senang memiliki Digimon sungguhan, fantasi idealnya hancur ketika ia menyadari bahwa teman barunya yang hiperaktif membutuhkan pengawasan konstan. Masalahnya semakin rumit ketika Guilmon menjadi target Ruki Makino, seorang tamer saingan yang memerintahkan pasangannya, Renamon, untuk mendapatkan kekuatan dengan mengalahkan Digimon lain dan menyerap data mereka. Beruntung, Takato menemukan sekutu dalam teman sekelasnya Li Jianliang dan Digimon pasangannya yang cerdas, Terriermon, untuk membantunya dalam perjalanannya sebagai tamer sejati.

Dengan musuh-musuh jahat yang muncul dengan kecepatan mengkhawatirkan, Takato harus memperkuat ikatannya dengan Guilmon untuk melindungi baik dunia manusia maupun Dunia Digital.