Dengan lima anak baru dan misi baru yang menarik di Dunia Digital, Digimon Frontier kembali menghadirkan aksi dan petualangan seru dari tiga musim sebelumnya. Takuya, Kouji, Izumi, Junpei, dan Tomoki bertemu di kereta yang membawa mereka ke Dunia Digital, di mana perang melawan kejahatan sedang berlangsung. Digimon Malaikat, Cherubimon, salah satu dari tiga malaikat yang dikirim untuk menyelamatkan Dunia dari kekuasaan Lucemon yang rakus, telah beralih ke sisi gelap, dan seluruh Dunia Digital berada dalam bahaya. Untuk melawan pertempuran besar ini, kelima CHOSEN ONES harus menemukan Densetsu no Spirit (Spirit Legendaris).