Taichi Yagami dan teman-temannya telah pindah ke sekolah menengah pertama, tetapi pada saat itu, mereka telah kehilangan kontak dengan mitra Digimon mereka. Taichi pun terkejut ketika tiba-tiba menerima panggilan darurat yang memanggilnya ke Dunia Digital. Di sana, ia mengetahui bahwa Digimon hidup dalam ketakutan terhadap Kaisar Digimon yang misterius, yang entah bagaimana menekan kemampuan mereka untuk Digivolve!

Di dunia nyata, Hikari Yagami dan Takeru Takaishi bersatu kembali di kelas kelima yang sama. Mereka memiliki tiga teman sekelas: Daisuke Motomiya, yang mengingatkan keduanya pada Taichi; Miyako Inoue, seorang jenius teknis; dan Iori Hida, tetangga Miyako. Ketika ketiga anak ini menerima “D-3” Digivices, mereka—bersama Hikari dan Takeru, yang masih memiliki Digivices asli mereka—menjadi generasi baru “Anak-Anak Terpilih” yang harus menyelamatkan dunia sekali lagi. Dengan kekuatan Armored Digi-Eggs, mereka harus menggagalkan rencana Digimon Emperor untuk menyebarkan pengaruhnya ke seluruh Dunia Digital.