Dalam waktu dekat, realitas tertambah telah menjadi bagian penting dari kehidupan sehari-hari. Seorang siswi SMP yang lembut bernama Yuuko “Yasako” Okonogi dan keluarganya baru saja pindah ke Kota Daikoku meskipun ada rumor tentang orang-orang yang menghilang. Di sana, neneknya, yang dijuluki “Mega-baa”, mengelola sebuah toko bernama Megasia yang khusus menjual alat-alat ilegal yang berinteraksi dengan berbagai bagian dunia virtual.

Mega-baa juga menjadi tuan rumah bagi sebuah agen detektif tidak resmi bernama “Coil”, sekelompok anak-anak seusia Yasako yang menemukan dan menangani korupsi di dunia virtual. Yasako bergabung dengan kelompok tersebut ketika Fumie Hashimoto, seorang anggota Coil yang periang, membantu menyelamatkan anjing sibernya, Densuke, setelah terjebak di dunia virtual saat mengejar virus misterius. Yuuko Amasawa, yang biasa dipanggil Isako, juga menyelidiki korupsi dan virus ini.

Bisakah Coil mengungkap kebenaran di balik virus dan korupsi misterius ini, dan jika berhasil, berapa biayanya?