Berlatar tahun 2100, di mana dunia terhubung oleh jaringan komputer. Anak-anak di seluruh dunia menjadi Web Divers, mengubah kesadaran mereka menjadi data, dan senang bermain bersama di taman maya bernama Magical Gate. Namun, virus komputer misterius muncul dan mulai menghancurkan Magical Gate dari dalam ke luar. Di dunia maya, program-program bernama Web Knights telah diciptakan untuk melindungi anak-anak. Namun, virus komputer telah membuat semua Web Knights berbalik melawan anak-anak. Satu-satunya Web Knight yang lolos dari “cuci otak” adalah Gladion. Gladion mencari bantuan Kaito Yuki, seorang Web Diver yang berada di kelas empat.