Shidou Itsuka menghadapi bahaya yang lebih besar dari sebelumnya karena keterlibatannya yang berkelanjutan dengan Ratatoskr. Ia telah menyegel 10 Spirit, dan Isaac Westcott, pemimpin Deus Ex Machina Industries, akhirnya memutuskan untuk membunuh Shidou dan merampas kekuatan Spirit untuk dirinya sendiri.

Untuk mencapai tujuannya, Isaac menyatakan perang habis-habisan melawan Ratatoskr, memaksa organisasi tersebut untuk menghabiskan sumber dayanya demi memastikan kelangsungan hidup Shidou. Meskipun kalah jumlah dan kalah jumlah, secercah harapan muncul dalam bentuk Spirit of Time, Kurumi Tokisaki. Shidou harus menyegel dan memperoleh kekuatan Kurumi untuk melakukan perjalanan ke masa lalu dan menghadapi Spirit of Origin—katalisator yang memulai semuanya.