Pohon Sakura yang abadi kembali. Berdasarkan sekuel PS2 dari game DaCapo orisinal, ceritanya kembali berlatar di Hatsunejima, tetapi berlatar 53 tahun setelah peristiwa D.C. dan D.C.S.S.. Meskipun beberapa karakter mungkin terlihat agak familiar bagi orang awam, para pemerannya merupakan hal baru. Protagonis utama yang baru adalah Yoshiyuki Sakurai, yang tinggal bersebelahan dengan Yume dan Otome, dua saudari Asakura, yang merupakan cucu perempuan Junichi dan Nemu dari musim pertama.