Kriminalitas tidak mengenal zaman. Pada tahun 2071, umat manusia telah menyebar ke seluruh galaksi, mendirikan pemukiman di permukaan planet lain layaknya di Bumi. Masyarakat baru ini diwarnai oleh pembunuhan, penyalahgunaan narkoba, dan pencurian, sementara penjahat antargalaksi diburu oleh semakin banyak pemburu hadiah yang tangguh.

Spike Spiegel dan Jet Black mengejar penjahat di seluruh ruang angkasa untuk mencari nafkah. Di balik sikapnya yang konyol dan acuh tak acuh, Spike dihantui oleh beban masa lalunya yang penuh kekerasan. Sementara itu, Jet mengelola kenangan masa lalunya yang penuh masalah sambil merawat Spike dan Bebop, kapal mereka. Duo ini bergabung dengan penipu cantik Faye Valentine, anak aneh Edward Wong Hau Pepelu Tivrusky IV, dan Ein, seekor anjing Welsh corgi yang dimodifikasi secara bioengineering.

Sambil membangun ikatan dan berusaha menangkap sekelompok penjahat yang beragam, kehidupan kru Bebop terganggu oleh ancaman dari masa lalu Spike. Saat rencana gila seorang rival terus terungkap, Spike harus memilih antara hidup bersama keluarganya yang baru atau balas dendam atas luka lamanya.