Sebagai seorang pemalu dan penakut, Yu-yu Kondou yang berusia 15 tahun selalu ditekan oleh kakak-kakak perempuannya yang aneh untuk memenuhi permintaan mereka yang tidak masuk akal. Suatu hari, mereka memaksa saudara laki-lakinya untuk menyamar demi hiburan mereka sendiri, yang mendorongnya untuk melarikan diri dari rumah. Setelah serangkaian kejadian tak terduga, Yu-yu bertemu dengan Megumi Ookura, seorang gadis ramah yang memperkenalkannya pada Tim Blackout-sekelompok orang yang sangat terlibat dalam permainan kartu yang disebut Cardfight Vanguard.

Seiring dengan semakin dekatnya ia dengan para anggota Team Blackout-Danji Momoyama, Zakusa Ishigame, Tomari Seto, dan Megumi sendiri-Yu-yu menemukan sebuah dunia yang sama sekali baru dan mengasyikkan, dunia yang tidak akan pernah bisa ia bayangkan tanpa bantuan teman-teman barunya.