Dengan semua Kartu Clow yang telah direbut kembali dan diubah menjadi Kartu Sakura miliknya, Sakura Kinomoto kini memasuki tahun pertamanya di SMP Tomoeda. Setelah hari pertama masuk sekolah, Sakura bertemu kembali dengan kekasihnya, Shaoran Li, yang memberitahunya bahwa dia akan pindah ke Tomoeda secara permanen. Yang lebih mengejutkan lagi, ternyata Shaoran akan bersekolah di sekolah yang sama dan sepertinya hidup Sakura menuju ke arah yang benar.

Namun, ketika Sakura tertidur, dia bertemu dengan sosok misterius berjubah dalam mimpinya dan mendapati dirinya dikelilingi oleh kartu-kartu transparan. Terbangun dengan rasa takut, Sakura terkejut melihat mimpinya menjadi kenyataan, dengan Kartu Sakura yang berubah menjadi transparan. Pertemuan-pertemuan seperti mimpi yang terus berlanjut dengan musuh yang tidak dikenal dan dia mendapatkan kunci ajaib baru menyiapkan panggung untuk petualangan terbaru Cardcaptor Sakura!