Isanami, seorang pendeta wanita muda dari Izumo, dipaksa untuk menyaksikan sekelompok ninja jahat membakar kuilnya dan membantai orang-orang di dalamnya, membuatnya tidak memiliki pilihan lain selain melarikan diri ke hutan untuk menghindari nasib yang sama. Secara kebetulan, ia bertemu dengan Saizou Kirigakure, seorang ninja tanpa guru dari sekolah Iga. Keduanya pergi ke Kastil Ueda untuk meminta bantuan Yukimura Sanada. Isanami yang memiliki kekuatan aneh dan dahsyat terungkap, dan Sanada langsung setuju untuk membantunya, mengumpulkan sepuluh prajurit pemberani di sisi Isanami.

Maka dimulailah Brave 10, sebuah kisah yang berlatar belakang periode Negara Berperang. Kisah ini mengikuti perjalanan Saizou dan Isanami di seluruh negeri yang sarat dengan perang untuk mencari para pejuang pemberani untuk mengabdi di bawah panji Yukimura, yang masing-masing memiliki keterampilan yang kuat. Mereka harus melakukan perjalanan jauh dan luas, sambil mencoba menangkis orang-orang yang akan mengejar kekuatan gelap yang dimilikinya untuk menjadikannya milik mereka.