Pertukaran rahasia di antara para siswi di Akademi Shinyo berpusat pada entitas supernatural yang penuh teka-teki. Entitas ini adalah Boogiepop, seorang Shinigami yang dikabarkan membunuh orang di puncak kecantikannya sebelum daya pikatnya memudar. Hanya sedikit yang tahu tentang sifat aslinya: seorang penjaga yang, di antara periode tidak aktif, menjelma menjadi alter ego seorang gadis SMA bernama Touka Miyashita untuk menangkis “musuh-musuh dunia”. Sekarang, serangkaian penghilangan misterius-yang dianggap oleh pihak sekolah sebagai pelarian-telah menyebabkan Boogiepop terbangun. Namun, di suatu tempat di dalam akademi, ada makhluk yang mengancam yang bersembunyi, menunggu saat yang tepat untuk menyerang.

Boogiepop wa Warawanai secara halus mengeksplorasi hubungan intrinsik antara manusia dan persepsi mereka tentang waktu, sambil menggali hubungan, emosi, ingatan, dan masa lalu para karakternya yang kompleks.