Akibat kenaikan permukaan laut yang drastis, umat manusia telah kehilangan sebagian besar tanah yang dapat dihuni, sehingga mereka terpaksa bergantung pada teknologi yang sudah ada sebelumnya untuk bertahan hidup. Di antara banyak orang yang terkena dampak tragedi tersebut, Natsuki Ikaruga, seorang lulusan cemerlang yang baru saja kehilangan kakinya dalam kecelakaan kapal selam, kini terpaksa menjalani kehidupan yang menyedihkan di sebuah pulau yang hampir sepi.

Setelah Natsuki bertemu dengan seorang wanita misterius bernama Catherine, ia menemukan sebuah robot humanoid canggih milik neneknya, Nonko, seorang ahli iklim terkenal. Atri, robot yang diselamatkan dengan penampilan dan perilaku seorang gadis muda, mengungkapkan kepada Natsuki bahwa Nonko telah menugaskannya dengan sebuah misi penting, tetapi ia lupa apa misinya.

Meskipun awalnya Natsuki berencana untuk menjual Atri, kesempatan untuk terhubung dengan penelitian neneknya melalui Atri membuatnya memikirkan kembali keputusannya. Natsuki pernah harus mengorbankan mimpinya untuk ikut serta dalam misi ilmiah bergengsi. Namun saat ia membuka diri kepada sesama penduduk pulau, ia menemukan bahwa ia masih dapat membuat perbedaan di dunia yang sunyi.